L'Agenzia delle Entrate, operativa dal 1° gennaio 2001, nasce dalla riorganizzazione dell'Amministrazione finanziaria a seguito del Decreto legislativo n° 300 del 1999 - pdf.

Ha un proprio statuto e appositi regolamenti che regolano l'amministrazione e la contabilità.

Gli organi dell'Agenzia sono costituiti dal Direttore, dal Comitato di gestione, dal Collegio dei Revisori dei conti.

Dal 1 dicembre 2012 l'Agenzia delle Entrate ha incorporato l’Agenzia del Territorio (articolo 23-quater del Dl 95/2012).